Bader Tasu Analüüs

Link: http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/research/bader/

Group members

Wenjie Tang ja Samuel Chill

Sissejuhatus

Richard Bader bader_illustratoralates McMaster Ülikool, arenenud intuitiivne viis jagades molekulid arvesse aatomid nimega Kvant Teooria Aatomid Molekulid (QTAIM). Tema määratluse atom põhineb puhtalt elektrooniline eest tihedus. Bader kasutab, mida nimetatakse null-flux pinnad jagada aatomeid. Null vootihedus pinnale on 2-D pind, mille eest tihedus on vähemalt risti pinnaga. Tavaliselt molecular systems, tasuta tihedus jõuab vähemalt vahel, aatomeid, ja see on loomulik koht eraldi aatomid üksteisest.

2

Bader on teooria aatomid molekulid on sageli kasulik tasu analüüs. Näiteks, eest kinnised jooksul Bader maht on hea ühtlustamise kokku elektroonilise eest aatom. Tasu jaotuse määramiseks saab kasutada multipole hetki suheldes aatomid või molekulid. Bader analüüsis kasutatud ka selleks, et määrata vee karedus aatomeid, mida saab kasutada, et mõõta eemaldamise kulu tasu alates aatom. Teooria pakub ka definitsioon keemiline liimimine, mis annab numbrilised väärtused sideme tugevus.

Grid Meetod

3Oleme välja töötanud lihtsustatud meetod eraldamine tasu tihedusega võrku sisse Bader mahus, mis on tõhus, töökindel ja kaalud lineaarselt arv võre punkti. Eraldamine algoritm järgmiselt kõige järsem tõus teed mööda tasu tiheduse gradient grid punkti grid punkti, kuni tasu maksimaalne tihedus on saavutatud. Kui algoritmi, mis määrab võrgu punktide eest tihedus maxima, järgnevad rajad on lõpetatud, kui nad jõuavad varem määratud võre punkti. See on see ruudustik põhinevat lähenemist, mis annab algoritm, selle tõhusust ja võimaldab analüüsi suurte võrkude tekkinud tasalaine põhineb tihedus funktsionaalne teooria, arvutused.

Kood

Programmi kood ja infot programmi kohta võib leida siin.
Meil on arutelu foorum, et lahendada küsimusi, mis on seotud kood ja töötab programm.

Viited

W. Tang, E. Sanville ja G. Henkelman, grid-based Bader analüüsi algoritm, ilma võre diagonaal, J. Phys.: Arvutada Mater. 21 084204 (2009).

E. Sanville, S. D. Kenny, R. Smith, G. Henkelman, täiustatud grid-based algoritm Bader tasu jaotamise, J. Comp. Chem. 28 899-908 (2007).

G. Henkelman, A. Arnaldsson, H. Jónsson, kiire ja jõuline algoritm Bader lagunemise eest tihedus, Comput. Mater. Sci. 36 254-360 (2006).